ในยุคแรกหลังจากการประกาศเอกราช อิทธิพลความรุ่งเรืองของวงการฟุตบอลจากยุคก่อนยังคงหลงเหลืออยู่ และศรีลังกาก็ใช้เวลาเพียงแค่ 4 ปีเท่านั้นในการเข้าเป็นสมาชิกของ FIFA ในปี 1952 อย่างไรก็ตามปัญหาของประเทศศรีลังกาก็เริ่มเกิดขึ้นในเวลาไล่เลี่ยกันไม่นาน หลังจากในปี 1956 โซโลมอน บันดาราไนยเก (Solomon Bandaranaike) ผู้นำของศรีลังกา ประกาศที่จะสนับสนุนวัฒนธรรมของชาวศรีลังกาที่แท้จริงเท่านั้น และเริ่มนำไปสู่ปัญหาความขัดแย้งกับชาวอินเดียที่อาศัยอยู่ในประเทศศรีลังกา

ภายในระยะเวลาไม่กี่ปี ความขัดแย้งยิ่งเพิ่มมากขึ้นเรื่อย ๆ จนกลายเป็นขบวนการทางการเมืองของชาวอินเดียที่ต่อต้านความไม่เป็นธรรมที่เกิดขึ้น มีการเผชิญหน้ากันในสังคมระหว่างชาวศรีลังกากับชาวอินเดียพลัดถิ่นอยู่บ่อยครั้ง โชคดีที่รัฐบาลศรีลังกายังพอจะยับยั้งสถานการณ์เอาไว้ได้จึงไม่นำไปสู่สงครามการเมืองในเวลานั้น อย่างไรก็ตามประเทศที่แตกแยกทำให้ความสำคัญของกีฬาถูกลบเลือนไปจนสิ้น จากยุคสมัยที่ชาวอังกฤษและชาวศรีลังการวมใจกันเล่นฟุตบอล ตอนนี้ไม่มีอีกต่อไป ในสภาวะที่สังคมไม่มั่นคงไม่รู้ว่าจะมีสิทธิเสรีภาพเท่ากันหรือไม่ก็ทำให้ไม่มีใครจะมาสนใจกีฬาฟุตบอล ท้ายที่สุดความขัดแย้งได้นำมาสู่เรื่องราวอันเลวร้าย เพราะ โซโลมอน บันดาราไนยเก ถูกฆาตกรรมจนเสียชีวิตในปี 1959

ทุกอย่างเลวร้ายและดูเหมือนว่าจะไม่มีอะไรดีขึ้น หลังจากที่ สิริมาโว บันดาราไนยเก (Sirimavo Bandaranaike) ภรรยาของโซโลมอนที่ขึ้นมามีอำนาจและปกครองประเทศแทน เธอชื่นชอบในระบอบเผด็จการคอมมิวนิสต์แบบจีนกับรัสเซีย จึงตัดสินใจตัดขาดความสัมพันธ์จากประเทศอื่นโดยหันไปเจริญความสัมพันธ์กับแค่ชาติในโลกคอมมิวนิสต์ด้วยกันเท่านั้น

นั่นจึงยิ่งทำให้ทุกอย่างในโลกฟุตบอลเลวร้าย ศรีลังกาเลือกปิดประเทศและไม่ส่งทีมฟุตบอลของตัวเองเข้าแข่งขันในรายการกีฬานานาชาติแม้แต่รายการเดียว การพัฒนาของวงการฟุตบอลศรีลังกาจึงหยุดอยู่กับที่ และยิ่งเวลาผ่านไปก็มีแต่จะถอยหลังลงเรื่อย ๆ

ศรีลังกาปิดประเทศยาวนานจนถึงปี 1977 กว่าพวกเขาจะมาเปิดประเทศอีกครั้งหลังจากปรับเศรษฐกิจเป็นตลาดเสรี แต่ก็ไม่ได้ทำให้ทุกอย่างดีขึ้น เพราะมันคือการกลับมาของลัทธิการต่อต้านชาวอินเดียในประเทศศรีลังกาอีกครั้งและความขัดแย้งคราวนี้ก็ไม่ได้เหมือนในอดีตและนำไปสู่สงครามกลางเมืองในศรีลังกา หลังจากที่คนเชื้อสายอินเดียได้ทำการฆ่าทหารชาวศรีลังกา 13 คน นำมาซึ่งการปราบปรามครั้งใหญ่ และคนเชื้อสายอินเดียต้องอพยพออกจากศรีลังกาเป็นจำนวน 150,000 คน

สงครามกลางเมืองของศรีลังกาไม่ได้จบลงเพียงแค่นั้นแต่กินเวลายาวนานมากกว่า 25 ปี หลังจากพื้นที่ทางตอนเหนือของศรีลังกา ถูกยึดครองโดยกลุ่มแบ่งแยกดินแดนที่มีเชื้อสายอินเดีย และกว่าทุกอย่างจะกลับเป็นปกติ ศรีลังกาก็ได้พบว่าพวกเขากลายเป็นประเทศล้าหลังอย่างเต็มตัวไปเสียแล้ว รวมถึงด้านกีฬาด้วยเช่นกัน